1807 yılında vuku bulan meşhur Kabakçı Mustafa isyanı, Nizâm-ı Cedîd adı altında yapılmak istenen tüm yeniliklere son verme amacı taşıyordu. İsyan sonunda III. Selim tahttan indirilmiş yerine IV. Mustafa geçirilmişti. Yenilik taraftarı olan devlet adamları İstanbul’da yaşanan kargaşa sırasında elbette önce kendi canlarını kurtarmak ardından da Nizâm-ı Cedîd ıslahatlarının gerekliliğini anlatmak için Rumeli’de nam salmış Rusçuk Ayanı Alemdar Mustafa Paşa’ya sığınmak durumunda kalmıştı.
İstanbul’a doğru yola çıktı
Mustafa Paşa’nın, Rumeli’nin etkili ayanlarından Tirsinikli İsmâil Ağa’nın hizmetine girip yeteneği ile kısa zamanda başyardımcılığına yükselmesi hayatının dönüm noktası olmuştu. Alemdar lakabını da o yıllarda Tirsinikli’nin bayraktarlığı görevinden dolayı almıştı. Mustafa Paşanın hem Rumeli’de yıllar süren hizmetlerine hem de Osmanlı-Rus Savaşında (1807) gösterdiği pek çok yararlıklara Sultan III. Selim’in de kayıtsız kalmadığını görüyoruz nitekim padişah ona bu başarılarına karşılık vezirlik rütbesi ile ömür boyu Silistre Valiliği ve Tuna Seraskerliği makamını vermişti. Tirsinikli İsmail Ağanın vefatı ise paşaya bölgesinin en güçlü ayanlığını getirecek yolu açtı. İşte emrindeki silahlı güçler ve kendisine bağlı diğer ayanlarla birlikte sahip olduğu kudret, Alemdar’ın yenilikçi bürokratların gözünde bir kurtarıcı olarak görülmesine neden oldu. Kabakçı Mustafa isyanını bastırabilmek için paşaya ihtiyaçları olduğunu bilen vezirler onu ikna edebilmek için Sultan III. Selim’in gösterdiği gayreti ve yapılan reformların gerekliliğini anlatarak kendisine tarihî bir sorumluluk yüklemeye çalıştı. Payitahta gitmeye karar veren Alemdar Mustafa Paşa hem III. Selim’in hayatı hem de devletin bekası için (elbette sadrazamlık makamına geçme düşüncesi de vardı) Rumeli kuvvetleriyle yola çıktı. Hatta kendisine bağlı olan Pınarhisar Âyanı Ali Ağa vasıtasıyla isyandan sonra Boğaz nâzırlığını adeta gasp eden Kabakçı Mustafa’yı da öldürttü.
Sadrazamlığa geçiş
Alemdar Mustafa Paşa, İstanbul’da Davutpaşa’ya vardığında kendisini Sultan IV. Mustafa karşılamıştı. Paşaya adamları Sultan Mustafa’yı hemen oracıkta hal edip idareyi tekrar III. Selim’e devretme teklifi yaptılarsa da Alemdar bu hareketin yakışık almayacağını düşünerek bu isteği reddetti. O ilk iş olarak isyanın çıkmasında ve III. Selim’in tahttan indirilmesinde rol oynayan herkesin cezalandırılmasını sağlamakla uğraştı. Yeniçeriler sindirildi ve şehir nihayet sakin bir nefes aldı. Bu arada III. Selim’in tekrar tahta çıkarılması için gerekli tedbirler alınırken IV. Mustafa, amcası III. Selim’in ve kardeşi Şehzade Mahmut’un öldürülmesi emrini vermişti. Bu haberi alan Alemdar ve adamları, kapıları kapatılan Topkapı Sarayına girmeye çalışsa da ne yazık ki III. Selim’i ölmüş, Şehzade Mahmut’u ise bir harem kalfası sayesinde kurtarılmış halde buldu. III. Selim’in öldürülmesine epeyce üzülen paşa duruma hâkim olduktan sonra Şehzade Mahmut’un tahta çıkmasını sağladı, IV. Mustafa ve annesi de sarayda göz hapsine alındı. Alemdar Mustafa Paşanın Rumeli’den gelerek çıkan isyanı önlemesi ve devlette tek otorite haline gelmesi kendisine elbette sadrazamlık makamını da getirdi. Mührü alan paşa hiç vakit kaybetmeden Kabakçı Mustafa isyanında rol oynayan kim varsa en ağır cezalara çarptırmaya devam etti. Devrin iki önemli ismi Köse Mûsâ Paşa ve Tayyar Paşanın idamı, Alemdar ve ekibinin gücünü artık tartışılmaz hale getirdi.
İsyan başlıyor
Alemdar Mustafa Paşa, dört ay sürecek sadrazamlık görevinin ilk aylarında her şeye hâkim olduğunu düşünmüş, sahip olduğu gücün gafletine kapılmış, tedbiri elden bırakarak yeniçeriler de dâhil olmak üzere tüm muhalif grupları küçümseyerek hayatının hatasını yapmıştı (Cevdet Paşa Tarihinde Alemdar ve ekibinin kendilerini eğlence hayatına kaptırdıklarını, konaklarında sazende ve hanendelerle birlikte sabahladıklarını yazar). Eski defterleri kapatmayan ve intikam için gün sayan yeniçeri güruhu da bu fırsattan yararlanmasını bilmiş, 15 Kasım 1808 gecesi bir ayaklanma çıkarmıştı. İsyancılar kendi aralarında çok sıkı bir işbirliği içindeydi bilhassa kalkışmayı idare eden dokuzuncu bölük zabitanı Alemdarı öldürmeye kararlıydı. Önce Yeniçeri Ağası Mustafa Ağa, Süleymaniye Cami Meydanında feci şekilde öldürüldü. Ardından Babıali’ye gidilerek Alemdar’ın konağı ansızın kuşatıldı. İlk iş konağın ateşe verilmesiydi. Zaten ahşap olan bina kısa sürede alev aldı, söndürmek için konağın dışına çıkan görevliler İSE hemen oracıkta katledildi. Alemdar Mustafa Paşanın adamları isyancılarla göğüs göğse çarpışmayı isterken paşa yardım ulaşıncaya kadar dışarı çıkmayarak konak içinden direnmeyi tercih etti.
Cephanelikte intihar
İsyanın üzerinden iki saat geçmesine rağmen yeniçeriler amaçlarına ulaşamamış, yangın koca konağı kül etmesine rağmen Alemdar Mustafa Paşa ve adamlarının hâlâ ortada olmamaları sonradan anlaşılmıştı. Paşa konağın mahzen kısmında saklanıyor oradan tüfeği ile yeniçerileri kuş gibi avlıyordu. Bu sırada saraydan da hiçbir ses seda çıkmıyor, şehir ise bir kez daha korkuya teslim oluyordu. Paşayı böyle ele geçiremeyeceklerini anlayan isyancılar mahzenin üstünden bir delik açmayı denediler. Bu artık son çare olarak görülüyordu nitekim Alemdar’a yardım gelme ihtimali de vakit geçtikçe artıyordu. Durumu hemen fark eden ve sonunun geldiğini anlayan paşa yeniçerilerin içeriye girmek üzere oldukları bir anda mahzende bulunan barut fıçıları ile birlikte tüm cephaneliği havaya uçurdu. Patlamanın şiddeti İstanbul’un her yerinden duyulmuş, Alemdar kendisiyle birlikte yüzlerce yeniçerinin de ölümüne sebep olmuştu. Yardımın bir türlü gelemeyişinin sebebi de sonradan anlaşılabildi. Saray, Ramiz ve Kadı Abdurrahman paşalar tarafından isyancılara karşı müdafaaya alındığı için Alemdar’a zamanında ulaşılamamıştı.
Oğlu Rufai şeyhi idi
Yaşanan bu ürkütücü hadise sonunda şehirde dedikodular almış başını gitmiş, Alemdarın henüz cesedine ulaşılamadığından kendisinin ölmeyip mahzendeki tünellerden firar ettiği şayiası her yere yayılmıştı. Patlamadan sonra yangın iki gün daha sürdü. Tabi bu arada konakta sağlam kalmış tüm değerli eşyalar da talan edildi. Alemdarın hadiseden iki gün sonra bulunan yanmış cansız bedeni isyancılar tarafından bir ipe bağlanarak Et Meydanına kadar sürüklendi ve burada üç gün teşhir edildi. Kırk üç yaşında hayata veda eden paşanın naaşı zorbalar tarafından Yedikule dışında bir kuyuya atıldı. Aradan yaklaşık yirmi yıl geçtikten sonra (Yeniçeri Ocağının ilgasından sonra) kemikleri bulunduğu yerden çıkartılarak yine Yedikule Surları civarına gömüldü, II. Meşrutiyet’in ilânı ile birlikte Tarihi Osmani Encümeninin teşebbüsleriyle Zeynep Sultan Camii hazîresine nakledildi. Bu nakil sırasında da büyük bir cenaze merasimi yapıldı. Tüm mal varlığı müsadere edilen Alemdar Mustafa Paşa’nın Rumeli’deki aile efradına maaş tayin edildi. Mustafa Paşanın oğullarından –ya da evlatlığı- Mehmet Bekâr Bey tahsilinden sonra hiç evlenmeyerek Rufai Tarikatına intisap etmiş, Davutpaşa İskelesi olarak da bilinen Samatya’da Bekâr Bey Tekkesinde (Kamil Efendi Tekkesi ) şeyhlik yapmıştı.